Cela fait deux ans que Naruto est parti s'entraîner avec Jiraiya, et sa première mission l'envoie dans les Sables Cachés pour aider à sauver Gaara. Alors que Gaara et Naruto se retrouvent face à face avec l'Akasuki, Sakura prend sa place à l'avant du combat pour les sauver. Avec Granny Chiyo à ses côtés, elle doit combattre Sasori, qui peut créer des golems à partir de morts-vivants. Mais Mamie Chiyo est aussi une maîtresse de marionnettes – seulement cela pourrait être les ficelles de Sakura qu'elle tire !