Norman, le père de Ruby, est le nouveau responsable du gymnase de Petalburg City. Mais Ruby ne veut pas suivre les traces de son père : il veut gagner des concours Pokémon ! Le père de Sapphire, le professeur Birch, est le chercheur Pokémon local. Mais Sapphire en a assez de collecter des données scientifiques : elle veut gagner les batailles Pokémon ! Lorsque Ruby et Sapphire se rencontrent, ils sont plus susceptibles de se frapper que de s'entendre. Mais ensuite Sapphire défie Ruby à un concours ! Lequel d’entre eux réalisera son rêve en seulement quatre-vingts jours ?!