Kafka veut nettoyer les kaiju, mais pas littéralement ! Une métamorphose soudaine va-t-elle faire obstacle à son rêve ?
Avec les taux d’émergence de kaiju les plus élevés au monde, le Japon n’est pas étranger aux attaques de monstres mortels. Entrez dans la Force de défense japonaise, une organisation militaire chargée de la neutralisation des kaiju. Kafka Hibino, un nettoyeur de cadavres de kaiju, a toujours rêvé de rejoindre la force. Mais lorsqu'il a une nouvelle chance de réaliser son rêve d'enfant, il subit une transformation inattendue. Comment peut-il combattre les kaiju maintenant qu'il en est devenu un lui-même ?!
Kafka espère un jour respecter son pacte avec son amie d'enfance Mina pour rejoindre les Forces de défense japonaises et combattre à ses côtés. Mais pendant qu'elle neutralise les kaiju en tant que capitaine de la troisième division, Kafka est obligée de nettoyer les conséquences de ses combats. Lorsqu'un changement soudain de règles rend Kafka éligible dans les Forces de défense, il décide de réessayer pour l'équipe. Il n'y a qu'un seul problème : il figure sur la liste de neutralisation des Forces de défense sous le nom de code Kaiju n°8.