Il y a bien longtemps, à la cour impériale japonaise, l'empereur chinois offrit un panda géant comme symbole de paix à l'empereur japonais. Depuis, l'empereur japonais a confié à ses membres de la cour (les joueurs) la lourde tâche de prendre soin de l'animal en s'occupant de son jardin de bambous.
Dans Takenoko, les joueurs cultiveront des parcelles de terrain, les irrigueront et feront pousser l'une des trois espèces de bambous (vert, jaune et rose) avec l'aide du jardinier impérial pour entretenir ce jardin de bambous. Ils devront supporter la faim immodérée de cet animal sacré pour les bambous juteux et tendres. Le joueur qui gère le mieux ses parcelles, faisant pousser le plus de bambous tout en nourrissant l'appétit délicat du panda, remportera la partie.